— Шисуи, осознав, что в его глазах заключена великая сила, охота за которой никогда не прекратится, решается на самоубийство. Он пишет записку, в которой сообщает, что уничтожит свои глаза и покончит с собой во избежание какой-либо борьбы внутри самого клана за столь могущественные способности.

— Шисуи отдает свои глаза Итачи с поручением сохранить мир в деревне и добрую репутацию Учиха, а после сбрасывается в реку Нака, стирая все следы своего существования. Смерть близкого друга пробуждает у Итачи Мангекьё Шаринган, глаза Шисуи он помещает в глазницы своих воронов.

— На следующий день после пропажи Шисуи некоторые члены клана, уже заподозрив Итачи, открыто обвиняют его в смерти Учихи и имитации самоубийства. С этого момента отношения Итачи с семьей становятся ещё более натянутыми.

— Данзо вызывает Итачи и ставит его перед выбором: поддержать переворот клана в разгорающемся конфликте, что приведет к его полному истреблению, или же согласиться на миссию по уничтожению клана собственными руками до того, как сам переворот начнется, чтобы сохранить его репутацию и получить возможность пощадить младшего брата. Итачи отвергает предложение Данзо и, используя глаз Шисуи, применяет на нем Котоамацуками, вынуждая того прекратить агрессию в сторону клана и всеми силами восстановить его доброе имя. Той же ночью Итачи проникает в комнату Саске и использует на брате гендзюцу, внушая ложные видения о том, как он жестоко убивает Шисуи и уничтожает его Мангекьё Шаринган. После чего сбегает из деревни и становится отступником.

— Данзо выступает перед жителями Конохи с заявлением. Он оправдывает бездействие Учих в битве против Курамы тем, что лично отдал Фугаку и его клану приказ о защите жителей деревни. Он приносит извинения и просит народ унять подозрения по поводу причастности клана Учиха к нападению на деревню. Тем не менее, Данзо продолжает вести свою агрессивную политику в плане защиты деревни, продолжая развивать Корень АНБУ и оставаясь радикалом.

— Клан Учиха массово расселяется по всей Конохе. Политическая обстановка внутри деревни стабилизируется.

— Фугаку, огорченный тем, что не смог вырастить достойно первого сына, решил воспитать в младшем того, кто сможет смыть позор с главы клана Учиха и убьет отступника, что без зазрения совести жестоко расправился со своим сородичем и другом.

— Орочимару соблазняет Саске неведомой ему силой, ставит на нем печать и устраивает покушение на третьего Хокаге. Хирузен погибает, полиция Конохи под предводительством Фугаку отбивает совместное нападение Орочимару и шиноби Суны. Политическая обстановка между странами накаляется возникшим инцидентом.

— Фугаку выдвигается кандидатом на место следующего Хокаге, однако совет избирает Цунадэ. Джирайя и Наруто отправляются на ее поиски. Цунадэ становится пятым Хокаге.

— Учиха возмущены выбором совета и жаждут правосудия. Под предводительством Фугаку готовится новый переворот, однако активное присутствие в деревне двух Санинов заставляет их повременить. Саске воспользовался силой, которую ему предложил Орочимару, а потому покидает деревню под покровом ночи в сопровождении четверки из Ото. Утром Цунадэ прознает об инциденте, отправляет в погоню Наруто и команду, а также не сообщает Фугаку о пропаже сына. Подобное действие еще больше подрывает доверие клана Учиха к текущей власти.

— Наруто не удается предотвратить побег Саске. Он отправляется в странствия вместе с Джирайей, чтобы усиленно тренироваться и обрести силу, которая позволит ему вернуть друга.

— Фугаку устраивает государственный переворот, свергая Цунадэ. Центр Конохи оккупируется людьми Учиха, сам Фугаку становится шестым Хокаге. Цунадэ и Сакура вместе покидают деревню. Остальные жители Конохи разделяются на два лагеря: тех, кто вроде бы и не против правления Учиха. И тех, кто решил сопротивляться тирании - они добровольно ушли из Конохи, в надежде собрать силы и свергнуть новую власть.